Cayman Crystal Caves hebben zich gedurende miljoenen jaren gevormd. Gefossiliseerde schelpen en dierenleven in de grotten laten ons zien dat de massa die nu de grotten bevatte ooit onder de zee bevond. Na verloop van tijd, toen de zeespiegel veranderde en het land begon te stijgen, begonnen kamers zich te vormen door watererosie, waardoor grotten werden gemaakt. Binnen deze kamers begonnen spectaculaire stalagmiet- en stalagtietkristalstructuren te ontstaan, terwijl regenwater door het kalksteenplafond van de grotten calciumafzettingen achterliet. De grotten blijven vandaag nog steeds evolueren. Het proces van stalagmiet- en stalagtietvorming vindt plaats als regenwater enigszins zuur wordt wanneer het voor het eerst door omliggende planten, aarde en andere organische materie reist. Dit zure water maakt een deel van de kalksteen af ​​terwijl het door de aarde sijpelt en de microscopische calciumlagen opnieuw afgeeft, terwijl het water uit de grotkasten druppelt. Na verloop van tijd vormen deze afzettingen gezamenlijk de kristalstructuren.